מחלקת השרות באקוואטק משרתת עשרות לקוחות פעילים בכל הארץ במישורים השונים:
1. הספקת והתקנת המוצר בבית הלקוח.
2. תחזוקה שוטפת יזומה ע"י חברת אקוואטק.
3. מתן שרות לכל מערכות טיהור המים המוכרות.
ברשות החברה מעבדת שרות מתקדמת בה נערכות בדיקות למוצרי החברה לפני הגעתם לבית הלקוח, ע"פ מערכת בדיקת איכות מאושרת ISO9002.