הפוקימונים האגדיים הם מיוחדים ויש רק אחד כמוהם,בדרך כלל הם חזקים יותר מפוקימונים רגילים,הנה הם: מיו ומיוטו-אלו פוקימונים אגדיים מהדור הראשון,מיו נחשב לפוקימון החזק ביותר ואילו מיוטו הוא שיבוט שלו,שניהם בכוחות שווים והם מופיעים בסרט הראשון. זאפדוס מולטרס וארטיקונו:אלו הם שלושת הציפורים האגדיות של אזור קנטו וכל אחד שולט באי אחר. הם מופיעים בסרט השני יחד עם לוגיה. לוגיה והו-הו:אלו הם שני ציפורי פוקימון אגדיים במיוחד,לוגיה שולט במים והו-הו בשמיים ובקשת. ראיקו אנטיי וסוויקון:אלו הם שלושת הכלבים האגדיים אשר משרתים את הו-הו ואומרים שסוויכון הוא החזק מבינהן. סלבי:זה פוקימון עשב אגדי מיוחד במינו אשר כדור הג'י אס מכיל אותו,סלבי שולט ביער ומופיע בסרט הרביעי. גראודון וקיוגר:  אלו הם שני פוקימונים אגדיים מאזור הואן וחזקים במיוחד,צוות אקווה רוצים את קיוגר כדי שיציף את העולם וצוות מגמה רוצים את גראודון כדי שייבש את העולם כליל. רייקאוזה:רייקאוזה הוא פוקימון מיוחד שעצר את הקרב בין גראודון לקיוגר והוא משול לשנלונג,דרקון אל יפני ששולט בשמיים ודומה לו מאד. לטיאס ולטיאוס:שני אלו מיוחדים יחד כשהם אח ואחות יחד הם יכולים לנוע במהירות כשהם בלתי נראים והם מופיעים בסרט החמישי.  דיאוקסיס:זה לא בידויק פוקימון אגדי,דיאוקסיס הוא פוקימון מעבדה(כמו מיוטו אבל לא מבוסס על שום פוקימון)ונקרא פוקימון הדי אנ איי,דיאוקסיס מופיע בסרט השביעי. ג'יראצ'י:פוקימון מיוחד זה מופיע בסרט השישי וביכולתו למלא משאלות למי שהתחבר איתו כחבר והוציא אותו מהקריסטל. הרג'ים: יש שלושה רג'ים והם: רג'יאייס- רג'ירוק- רג'יסטיל- פאריוקה   ודיארוגיה: הם פוקימונים אגדיים מהדור הרביעי והם האגדיים הראשיים בפוקימון פנינה ויהלום.