הארי פוטר הוא ילד יתום, צנום וממושקף, שחי בבית דודתו ודודו, פטוניה וורנון דרסלי. דודיו נוהגים תמיד לתת לו את הדברים הגרועים ביותר עד כדי כך שהארי מתגורר בארון שנמצא מתחת לגרם המדרגות. בן דודו דאדלי וחבריו נוהגים להכות אותו ולהתעלל בו כמה שיותר, אבל תמיד איכשהו הוא מצליח להתחמק מהם בדרכים מסתוריות שהם והוא בעצמו לא מצליחם להבין. ביום הולדתו ה-11 מגלה הארי פוטר (ע"י האגריד - שומר הקרקעות והמפתחות של בית הספר לקוסמים הוגוורטס) שהוא קוסם אשר נולד להורים קוסמים (אמו לילי היא אחותה של הדודה פטוניה), וכי לקוסמים יש יכולות מיוחדות, אותן ניתן לפתח בבית הספר. כמו כן נודע לו כי הוריו לא נהרגו בתאונת דרכים, כפי שסיפרו לו דודיו, אלא נרצחו בקללה הורגת על ידי קוסם האופל הגדול בכל הזמנים, לורד וולדמורט (או לפי רוב המפחדים מפניו "זה שאין לנקוב בשמו" או "אתה-יודע-מי"). לורד וולדמורט ניסה להרוג גם את הארי פוטר, אך לילי פוטר הקריבה את עצמה למען בנה ובכך נתנה לו הגנה. אמנם הקללה שהטיל וולדמורט על הארי פוטר לא פגעה בו אך היא הותירה במצחו צלקת בצורת מכת ברק וחלק מכוחותיו של לורד וולדמורט נטבעו בצלקת. אותה קללה חזרה נגד שולחה ופגעה בוולדמורט עצמו, שנעלם ואיבד את כל כוחותיו. מאז הארי נחשב למפורסם בקרב כל קהילת הקוסמים, על כך שהוא הקוסם היחיד בהיסטוריה ששרד את הקללה ההורגת, ובכך הוא גם גרם למפלתו של וולדמורט. אחרי שהארי שמע זאת הוא הלך ביחד עם האגריד לקנות ספרים וחפצים לקראת הלימודים המתחילים באחד בספטמבר בסמטת דיאגון.

במשך שש שנות לימודיו בבית הספר הוגוורטס, המתועדות בספרים, מתרחש מאבק בין כוחות הטוב, שאותם מייצגים הארי פוטר וידידיו ובראשם מנהל בית הספר אלבוס דמבלדור, לבין כוחות האופל שמייצג וולדמורט ואוכלי המוות, כשוולדמורט מנסה לחזור ולהשתלט על קהילת הקוסמים. במשך הזמן מגלה הארי פוטר יותר ויותר על עולם הקוסמים, על הוריו המתים ועל המלחמה שהייתה בעבר אל מול וולדמורט ותומכיו, אוכלי המוות.

בשנתו הראשונה בהוגוורטס, הארי פוטר מתיידד עם רון ויזלי והרמיוני גריינג'ר. שלושתם נלחמים בלורד וולדמורט, המנסה לחזור לעולם הקוסמים בעזרת אבן החכמים, שיכולה להקנות לו עושר וחיי נצח.

בשנה השנייה, מנסים הארי פוטר וחבריו למצוא את האחראי לתקיפות מסתוריות בבית הספר. בסופו של דבר הארי פוטר מתעמת עם האחראי לכך - זיכרון שמור של הלורד וולדמורט שהופיע בתור יומנו של טום רידל (שמו הראשון של וולדמורט).

בשנה השלישית נחשף הארי פוטר לסנדקו, סיריוס בלק, אשר ישב שתים עשרה שנה בכלא הקוסמים, אזקבאן, לאחר שהופלל על ידי אוכלי המוות (תומכיו של הלורד וולדמורט) והואשם ברצח קוסמים ומוגלגים. במקביל מתעמת הארי פוטר עם פיטר פטיגרו, אחד מאוכלי המוות, שהיה חבר קרוב של הוריו והסגיר אותם לוולדמורט.

בשנה הרביעית מייצג הארי פוטר את בית ספרו בטורניר הקוסמים המשולש. בזמן שהארי פוטר מתמודד בטורניר, מתחזק וולדמורט וזומם לשוב למלוא כוחותיו. בסוף הטורניר, חוטף משרתו של וולדמורט, פיטר פטיגרו, את הארי פוטר ומשתמש בדמו כדי להשיב לוולדמורט את כוחותיו. הארי וולדמורט נאבקים, אך הארי פוטר מצליח להימלט ממנו ברגע האחרון. בין לבין, הארי פוטר חווה אהבה ראשונה.

בשנה החמישית מקים דמבלדור מחדש את מסדר עוף החול, שמטרתו להילחם בוולדמורט ובתומכיו. הארי פוטר וחברי המסדר מנסים לשכנע את קהילת הקוסמים שוולדמורט חזר לפעול, אך רוב הקוסמים אינם מאמינים להם. בינתיים, בהוגוורטס המפקחת דולורס אמברידג' מאמללת את חייו של הארי פוטר. לאחר שהארי פוטר וחברי מסדר עוף החול נלחמים בוולדמורט ובתומכיו, ואחרי קרב שבו נרצח סנדקו סיריוס בלק, הוא מגלה כי טרם לידתו נובאה נבואה אשר אומרת כי וולדמורט והארי פוטר אינם יכולים לחיות יחד בעולם ואחד מהם חייב למות בידי האחר.

בשנה השישית נמצאת המלחמה בין וולדמורט ותומכיו לבין שאר קהילת הקוסמים בעיצומה. הארי ודמבלדור יוצאים לחקור את עברו של וולדמורט כדי לגלות את נקודות התורפה שלו. לקראת סוף השנה מתחולל מאבק נוסף אל מול אוכלי המוות ובסופו סוורוס סנייפ רוצח את דמבלדור.

בשנה השביעית המלחמה בין וולדמורט ואוכלי המוות לבין מסדר עוף החול מגיעה לשיא. עוזריו של וולדמורט מנסים להרוג את הארי כבר כאשר הוא עוזב את הדרסלים לצמיתות. במשך שנה זו הארי, רון והרמיוני מחפשים את ההורקרוקסים של וולדמורט, בעקבות המשימה שהטיל דמבלדור על הארי לפני מותו, על מנת להשמידם ובכדי להביא למותו של וולדמורט אחת ולתמיד. בנוסף, הארי מגלה פרטים חדשים על עברו של דמבלדור וכן הוא מגלה את האגדה על אוצרות המוות - שלושה חפצים קסומים שאמורים לעזור לבעלים שלהם להתחמק מהמוות - להיות בני אלמוות. הארי מאבד בשנה זו חברים קרובים כגון התנשמת הדוויג, רמוס לופין, נימפדורה טונקס, פרד ויזלי, "עין הזעם" מודי ועוד. כמו כן, הוא מגלה פרטים נוספים על עברה של אימו ועל עברו של סוורוס סנייפ. בדו-קרב האחרון מביס הארי את וולדמורט.