המלך הארולד (קליז) חולה מאוד ולכן אינו מסוגל להמשיך לתפקד כמלך. שרק (מאיירס) הוא המועמד הטבעי לתפקיד המלך הבא. רק שמשמעות הדבר היא שיאלץ לוותר על ביצתו האהובה ולהסתגל לחיים בארמון - מחשבה בלתי נסבלת עבור טרול. יחד עם חבריו החתול במגפיים (באנדרס) וחמור (מרפי), שרק מנסה להמליך את ארטי (טימברלייק) המרדן במקומו לכתר.
במקביל, הנסיכה פיונה (דיאז) אוספת את חברותיה כדי להדוף את ההפיכה שהנסיך צ'ארמינג (רופרט) מתכנן.
