העלילה של נארוטו מחולקת למספר סיפורי עלילה שבדרך כלל מתפרסים על כמה פרקים (לעתים עשרות) ועוסקים במשימות או אירועים מרכזיים שמתרחשים. הסיפורים מתרחשים בסדר כרונולוגי (חוץ מאשר סיפור המשנה על ילדותו של קאקאשי) ולעתים משולבים בהם פלשבקים מהעבר.

חלק ראשון

1. הכרות, פרקים 1–5 (1–8): לפני 12 שנה, קיובי, השועל המפלצתי בעל תשעה הזנבות תוקף את כפר הנינג'ות קונוהא (פירושו כפר העלה), על מנת למגרו משתמש ראש הכפר, מינאטו נאמיקאזה (ההוקאגה הרביעי), בטכניקת נינג'ה אסורה כדי לכלוא את השועל בתוך בנו התינוק שזה עתה נולד, נארוטו. השימוש בטכניקה האסורה עולה לו בחייו. בהווה, נארוטו אוזומאקי בן ה-12 גדל לנער שובב ובודד. הוא לומד באקדמיית הנינג'ות שם הוא לומד את כל מה שצריך כדי לעבור את בחינות הקבלה ולהפוך לנינג'ה. נארוטו משתדל אך הוא אינו מוצלח בשימוש בטכניקות הנינג'ה ונכשל שוב ושוב. תושבי הכפר מנדים אותו, כיוון שבתוכו כלוא השועל המפלצתי שכמעט החריב את הכפר, אך נארוטו אינו מודע לזה והוא מבצע תעלולים שונים כדי לזכות במעט תשומת לב. האדם היחיד שמעודד ותומך בנארוטו הוא מורהו מהאקדמיה, אירוקה-סנסיי. לנארוטו יש חלום שבו הוא יהפוך לראש הכפר (הוקאגה) ובכך יהיה לנינג'ה החזקה ביותר בכפר ויזכה להכרה מצד כולם. אחד המורים באקדמיה, מיזוקי, משתמש בנארוטו הבודד כדי לגנוב מגילה הנקראת הפוג'ין, אשר מכילה כמה מטכניקות הנינג'וטסו (מתקפות של נינג'ות) החזקות ביותר של הכפר. נארוטו גונב את המגילה ולומד ממנה את טכניקת שיכפול הצללים. נארוטו מגלה שמיזוקי הערים עליו והוא גם שומע ממנו את הסיבה האמיתית לכך שכולם בכפר שונאים אותו. מיזוקי מתכוון להרוג את נארוטו ולקחת את המגילה אך אירוקה-סנסיי חוסם בגופו את הנשק שהיה מיועד לפגוע בנארוטו ונפצע קשה, נארוטו מתרגז ומשתמש בטכניקה שלמד כדי ליצור עשרות שיכפולים של עצמו ומביס את מיזוקי. אירוקה, שרואה את ההתקדמות של נארוטו, מחליט לתת לנארוטו לסיים את לימודיו באקדמיה ולהפוך לנינג'ה. נארוטו, עם חבריו לכיתה, סאסקה אוצ'יהא וסאקורה הארונו, הופכים להיות צוות 7, תחת מנהיגותו של קאקאשי האטקה.
2. ארץ הגלים, פרקים 6–19 (9–33): מסופר על המשימה הגדולה הראשונה של צוות 7: הגנה על מהנדס גשרים מפני איל ספנות רשע אשר שולט בתעבורה הימית בארץ ומתנגד להקמת הגשר. בסיפור זה נתקלים לראשונה במוטיב חוזר בסידרה: לחימה למען אנשים היקרים ללבך הופכת אותך לחזק יותר. כמו כן נארוטו מגלה את "קוד הנינג'ה" שלו.
3. מבחן הצ'ונין, פרקים 20–67 (34–114): אחרי מספר משימות, הגיעו מבחני הצ'ונין (דרגת הנינג'ה השנייה, פרוט בהמשך). המבחן מורכב משלושה חלקים:
   1. מבחן עיוני - המבחן קשה מאוד, והודיעו שכל מי שיתפס מעתיק ירדו לו ולצוותו שתי נקודות. מה שכל המתמודדים הבינו (חוץ מנארוטו), שבעצם מצפים מהם להעתיק - אחרת היו פוסלים את אלו שנתפסו מעתיקים. סאסקה משתמש בשארינגאן כדי לחקות את תנועות הכתב של תלמיד שידע (ולאחר מכן התברר שהוא הושתל בכוונה), נג'י משתמש בביאקוגאן. נארוטו נתקע, ולמרות שהינאטה מציעה לו להעתיק ממנה הוא מסרב כדי לא להכשיל את צוותו. לבסוף הוא עבר, כי מטרת המבחן האמיתית לא הייתה לבחון ידע כי אם את טכניקות הריגול ואיסוף המידע של הניבחנים. (לאחר המבחן, הבוחן שם לב שהוא העביר את נארוטו למרות שהוא הגיש דף ריק – כלומר, הוא לא ריגל כלל).
   2. יער המוות - מבחן זה הוא מבחן של צוותים. כל צוות מקבל מגילה: של שמים או של אדמה, ועליהם להשיג את המגילה מהסוג השני מאחד מהצוותים האחרים. צוות 7 כמעט ונכשל במשימה, כי אורוצ'ימארו שרף את המגילה שלהם (ותוך כדי כך נשך את סאסקה והעניק לו את הסימן המקולל) והם נאלצו להשיג את שני הסוגים במקום רק את אחד מהם.
   3. קרבות - בשלב זה מתקיים טורניר של קרבות אחד על אחד. ייתכן רק מנצח אחד, אם כי הבחירה בנינג'ות שיהפכו לצ'ונין לא נקבעת לפי הניצחונות. שלב זה מופסק באמצע כי כפר הצליל וכפר החול תוקפים את כפר העלה במפתיע.
4. הפלישה לקונוהא, פרקים 68–80 (115–138): המזימה של אורוצ'ימארו להשמדת קונוהא בשיתוף עם כפר החול מגיעה לשיאה עם דגש מיוחד על ההבדל בין לחימה למען מניעים אנוכיים לבין לחימה למען הזולת. נחשב לעתים גם כחלק מסיפור "מבחן הצ'ונין".
5. שובו של איטצ'י, פרקים 81–85 (139–148): ביקור קצר של אחיו הגדול של סאסקה, אוצ'יהא איטצ'י, ושותפו קיסמה הושיגקי בחיפושם אחר נארוטו. בסיפור זה מתגלה ארגון אקאטסוקי והעניין שהם מגלים בשועל בעל 9 הזנבות שכלוא בתוך נארוטו, כמו כן מתגלים היחסים המורכבים בין סאסקה ואחיו.
6. בחירתה של טסונדה, פרקים 86–100 (149–171): נארוטו והמאסטר החדש שלו ג'יראייה מחפשים אחר טסונדה כדי להציע לה את תפקיד ההוקאגה החמישית (אחרי שהקודם נהרג בקרב מול אורוצ'ימארו). בינתיים אורוצ'ימארו וקאבוטו גם כן מחפשים אחריה כדי שתרפא את ידיו של אורוצ'ימארו ובתמורה הוא יחזיר לחיים את יקיריה. מתפתח קרב גדול ובסופו מחליטה טסונדה לקבל את התפקיד והם חוזרים לכפר. נארוטו לומד מיומנות חדשה מג'יראייה, הראסנגאן.
7. מתחת למסכה של קאקאשי, פרק 101 (ספיישל): מסופר על נסיונו של צוות 7 לגלות איך נראים פניו של קאקאשי מתחת למסכה.
8. מירוץ ארץ התה, פרקים 102–106 (אנימה בלבד): צוות 7 ממונה לעזור לאחיו הצעיר של איביקי מורינו, אידטה מורינו, לנצח במירוץ השנתי של ארץ התה. סיפור זה גם בה לחזק את לבטיו של סאסקה בסיפור הבא.
9. להחזיר את סאסקה, פרקים 107–135 (172–238): רבעיית הצליל מגיעה לקחת את סאסקה לאורוצ'ימארו כדי שייתן לו כוח. סאסקה בא איתם מרצון, תוך כדי שהוא מעלה את הסימן המקולל (שנתן לו אורוצ'ימארו) לדרגה שתיים. על מנת להחזיר את סאסקה לכפר -גם בכח במידת הצורך- יוצאים נארוטו, נג'י, שיקאמארו, צ'וג'י וקיבּ‏ה למשימה כדי להחזירו לפני שהוא יגיע אל אורוצ'ימארו. כל אחד מחברי הקבוצה מתמודד מול יריב אחד מרבעיית הצליל. רוק לי, גאארה, טמרי וקאנקורו באים לעזרתם. נארוטו רודף אחרי סאסקה ובסופו של דבר משיג אותו. הרגעים של הפגישה שלהם מאוד טעונים, סאסקה מודה שנארוטו הוא חברו הטוב ביותר, אבל הוא אומר לו שהוא איחר את המועד אם הוא רצה למנוע את הגעתו לאורוצ'ימארו. סאסקה תוקף בכח על מנת לפגוע בנארוטו, ואחרי שנארוטו מבין שסאסקה רציני, הם מתחילים להלחם בכל הכח. בהתחלה סאסקה חזק בהרבה מנארוטו, ואפילו לא משתמש בשארינגאן שלו נגדו. לאחר מכן נארוטו שואב כח מהשועל בעל תשעת הזנבות שכלוא בתוכו וסאסקה משחרר את הסימן המקולל דרגה שתיים שלו. סאסקה מנצח, מותיר את נארוטו מעולף, והולך לפגוש את אורוצ'ימארו. לאחר אותו קרב נארוטו נשבע שהוא יחזיר את סאסקה ויהי מה. כך מסתיים החלק הראשון של הסדרה.

 

נארוטו אוזומאקי, גיבור הסדרה.

פרקי הפילרים של האנימה

לאחר סוף החלק הראשון (פרק 135), כיוון שהאנימה החלה להשיג את המאנגה הוחלט לשדר פילרים שלא כלולים בסיפור המקורי של המאנגה. סיפורים אלה מתרחשים בפרק הזמן של שלושת החודשים בין עריקתו של סאסקה לבין עזיבתו של נארוטו ביחד עם ג'יראייה לשנתיים וחצי. בזמן זה טסונדה (ההוקאגה החמישית) מנסה להעסיק את נארוטו כמה שיותר כדי שלא ירדוף אחרי סאסקה לבדו. במרבית מהפרקים מסופר על הרפתקאות קצרות (בני פרקים בודדים בלבד בניגוד לסיפורים מבוססי המאנגה שנמשכו על גבי עונות שלמות) של נארוטו ושאר חבריו ואין להם השפעה רבה על האירועים בהמשך. מעריצים רבים היו מאוכזבים מחוסר ההתפתחות בעלילה והסדרה איבדה מעט מן הפופולריות שלה. סה"כ שודרו 85 פרקי פילרים.

1. הסתננות למאורתו של אורוצ'ימארו, פרקים 136–141: ג'יראייה, נארוטו וסאקורה מסתננים למאורתו של אורוצ'ימארו בנסיון להחזיר את סאסקה.
2. מיזוקי מכה שנית, פרקים 142–147: בסיפור זה חוזר מיזוקי לנקום בנארוטו ואירוקה אשר סיכלו את מזימתו הקודמת לגנוב מגילות חשובות מהכפר בפרק הראשון.
3. ביקוצו, פרקים 148–151: משימה משותפת של נארוטו וצוות קורנאיי בחיפוש אחר חרק אגדי אשר מסוגל להתחקות אחר עקבות הריח של סאסקה. אך ישנם גם אחרים שמחפשים אחר החרק.
4. ראייגה, פרקים 152–157: משימה של נארוטו וצוות גאי לתפוס את ראגייה, שמטיל את חיתתו על כפר קטן וייתכן שיש לו מידע על קיסמה הושיגקי, חבר בארגון אקאטסוקי (שבו היה חבר בעבר גם אורוצ'ימארו).
5. אימוני הישרדות, פרק 158: נארוטו ושאר הגנין (הדרגה הראשונה של הנינג'ות) לוקחים קבוצות של נינג'ות צעירים לאימון הישרדות. נארוטו מושם אחראי על קונוהמארו וחבורתו אך מאבד את הדרך.
6. צייד ראשים, פרקים 159–160: על נארוטו, קיבּ‏ה והינאטה מוטלת משימה: לתפוס גנב פשוט. אך צייד ראשים מיסתורי בשם סאזאנאמי גם כן רודף אחרי הגנב, מה שמוביל לעימות ביניהם.
7. חיות ירוקות, פרק 161: שני זרים מסתננים לכפר על ידי התחזות לרוק לי ומאיטו גאי מתוך כוונה לגלות את סודות הכפר, כולם מזהים שמדובר במתחזים חוץ מנארוטו...
8. ארץ הציפורים, פרקים 162–167: נארוטו, נג'י וטנ-טן נאלצים לפתור סיפור מיסתורי על רוח רפאים, מה שמסבך אותם בקונפליקטים הפנימיים של ארץ הציפורים.
9. סיר בוער, פרק 168: נארוטו, סאקורה וצ'וג'י עוזרים לטבח הכפר בתחרות בישול מול "טבחי הנינג'ה" במטרה להציל את בתו.
10. ארץ הים, פרקים 169–173: נארוטו, אינו ושינו תחת פיקודה של אנקו מיטאראשי, נוסעים לארץ הים להביס מפלצת ים. אנקו נזכרת מחדש בזמן שהייתה תלמידתו של אורוצ'ימארו.
11. יסוד הכסף מול יסוד האמת, פרק 174: נארוטו מקבל משימה לשחק עם בנו המפונק של תכשיטן עשיר ביחד עם עוד כמה משימות קטנות.
12. חיפוש אחר המטמון, פרקים 175–176: נארוטו שוב מצוות עם קיבּ‏ה והינאטה במשימת חיפוש אחר מטמון חבוי. אם יכשלו במשימה הם יוחזרו חזרה לאקדמיה.
13. כפר המעיינות החמים, פרק 177: נארוטו מוצא את ג'יראייה בכפר המעיינות החמים מנסה לסיים את הספר החדש שלו. נארוטו מוסר את כתב היד לנינג'ה שליח מיוחד כדי שיגיע בזמן אך החבילה מוחלפת במסמך חשוב ביותר. נארוטו וג'יראייה חייבים להחזיר את המסמך לפני שתפרוץ מלחמה.
14. הושיגאקורה, פרקים 178-183: נארוטו מצטרף לצוות גאי למשימה בהושיגאקורה (הכפר החבוי בכוכבים) כדי לשמור על מטאוריט מיוחד בעל כוחות מיסתוריים. שם הוא פוגש בסומארו, נער, אשר כמו נארוטו, שואף להיות קאגה (ראש הכפר). אך לכפר בעיות רבות וסודות מסתתרים מתחת לפני השטח.
15. יומו הארוך של קיבּ‏ה, פרק 184: אקאמארו (כלבו של קיבּ‏ה) נדבק בנשק ביולוגי שגורם לו להתקפי טירוף, ועל קיבּ‏ה מוטל התפקיד להצילו.
16. האונבא האגדי, פרק 185: יצור מוזר מטפס על גבו של נארוטו והוא לא מסוגל להורידו. טסונדה מנחשת שמדובר ב"אונבא" האגדי. ברגע שהוא נדבק אליך הוא לא יורד עד שהוא גודל.
17. שינו הצוחק, פרק 186: נארוטו ושינו מלווים את פואוטה, היורש של שבט קאגטסו. אף אל פי שפואוטה ירש את כל הנכסים מראש השבט הקודם יש תנאי אחד: אסור לו לצחוק בעת ההלוויה.
18. מרכז ההובלות של קונואה, פרקים 187–191: בקשה מגיעה מהשליט של ארץ הירקות, ללוות שיירה של רוכלים. נארוטו, צ'וג'י והינאטה מצטרפים לרוכלים למסע, אך הם מותקפים על ידי שלושה נינג'ות מיסתוריים.
19. גן עדן שמנמן, פרק 192: אינו נבחרת למשימה על ידי בתו של דאימיו, הנסיכה פוקו. משימתה היא להתחזות לנסיכה במפגש עם חתנה המיועד כיוון שהנסיכה עלתה במשקל. נארוטו מתלווה אליה והבעיות לא מאחרות להגיע.
20. הדוג'ו של לי, פרק 193: לי בונה דוג'ו משלו במטרה להתאמן על ידי קרבות עם קוראי תיגר (הפרס לזוכה הוא הבעלות על הדוג'ו). גאי מתכנן להענות לקריאת התיגר אך קריאת חירום מחייבת אותו לעזוב. פולש מתחפש לגאי במטרה להסתנן לכפר ונארוטו חושב שמדובר בגאי.
21. הטירה המקוללת, פרק 194: נארוטו, הינאטה וקיבּ‏ה נשלחים לארץ הדבש בחיפוש אחר אישתו של דאימיו. שם הם מוצאים טירה מוזרה ונכנסים פנימה בחיפוש אחר רמזים.
22. החיה הירוקה השלישית, פרקים 195–196: גאי מתבקש להדריך נער בשם יאגורה, אך נראה שהנער רק מעוניין לנקום בגאי על שהביס את אביו.
23. קונוהא 11(פרפראזה על שם הסרט "אושן 11") פרקים 197–201: נגר זקן בשם גנואו גונב תוכניות של המיבנים בכפר. טסונדה, שחוששת שמדובר בתכנון פלישה נוספת לכפר, ממנה את שיקאמארו ביחד עם עשרה מהגנין האחרים לחקור את העניין.
24. 5 הקרבות הטובים ביותר, פרק 202: ספיישל ששודר לקראת העברת משבצת השידור מיום רביעי לחמישי ביפן. דירוג 5 הקרבות הטובים ביותר שבחרו הצופים מלווים בפרשנות של נארוטו וסאקורה עם אורחים נוספים.
25. שבט קוראמה, פרקים 203–207: קורנאיי עוזבת את תפקידה כראש צוות 8 כדי לטפל במקרה שבו מעורבת תלמידה שלה לשעבר.
26. חפץ נדיר, פרק 208: על נארוטו וקיבּה מוטלת משימה להגן על חפץ נדיר‏. הם נאלצים להתמודד בו-זמנית מול יחס מחפיר מצד בעל החפץ ומול כנופיית שודדים הזוממים לגנוב את החפץ יקר הערך.
27. האויב הוא שינובאזו, פרקים 209–212: נארוטו, סאקורה ולי נשלחים לשמור על העברה של אסיר, אחד מחבורת "שינובאזו" (נינג'ות שהפכו לפושעים), לכלא.
28. מֶ‏אנמה, פרקים 213–215: נארוטו מוצא נער מוזר שסובל מאמנזיה, הם יוצאים ביחד עם נג'י וטן-טן למשימה כדי לנסות ולהשיב לו את זיכרונו.
29. שיטנשונין, פרקים 216–220: רבעיית נינג'ות מסתורית בשם שיטנשונין חוטפות מתלמדת מכפר החול כדי לאלץ את גאארה להתמודד מולם, עשרת הגנין מכפר העלה יוצאים לעזרת כפר החול. בסוף הפרק האחרון של סיפור זה נארוטו עוזב את הכפר ביחד עם ג'יראייה.

קאקאשי גיידן (סיפור משנה)

1. קאקאשי גיידן, פרקים 239–244: בין החלק הראשון לשני מסופר על ההיסטוריה של קאקאשי האטאקה כשהיה נער ביחד עם חברי הצוות שלו, אוביטו אוצ'יהא, רין והסנסיי שלהם – ההוקאגה הרביעי. מתגלה מקורה של הצלקת על עינו השמאלית (בעלת השארינגאן) וכמו כן מקור המוזריות האישיות שלו כגון איחוריו המתמידים ועקרונותיו בקשר לעבודת צוות.

• הערה: קאקאשי גיידן הוצג לעת עתה במאנגה בלבד.

חלק שני (נארוטו: שיפודן)

החלק השני של נארוטו התחיל באנימה ב-15 בפברואר 2007 תחת השם החדש(למעשה סדרה חדשה): "נארוטו: שיפודן", בתרגום מילולי "נארוטו: קורות ההוריקן". בסוף החלק הראשון נוצר המצב המעניין שכל אחד משלושת הגנין מצוות 7 מצטרף לאחד מהסאנין האגדיים (שהיו גם כן צוות בעבר תחת הדרכתו של ההוקאגה השלישי) בתור תלמידו: נארוטו עוזב את הכפר עם ג'יראייה; סאסקה נוטש את הכפר לטובת אורוצ'ימארו; סאקורה נשארת בכפר תחת הדרכתה של טסונדה. החלק השני מתחיל בחזרתו של נארוטו לכפר העלה אחרי שנתיים וחצי תחת האימון של ג'יראייה.

1. הכרות מחודשת, פרקים 1–2 (245–247): בסיפור זה מכירים מחדש חלק מהדמויות הראשיות, נארוטו, סאקורה וקאקאשי, ומראים כמה הם התבגרו באמצעות מבחן הפעמון. דמויות אחרות שמופיעות מחדש בחלק זה הם: ג'יראייה, טסונדה, קונוהמרו, אירוקה, שיקאמארו, גאארה וטמארי.
2. להציל את גאארה, פרקים 3–32 (248–281): הקאזאקאגה החמישי (ראש כפר החול), גאארה, נחטף על ידי ארגון אקאטסוקי. צוות קאקאשי נשלח לכפר החול כדי לעזור. המשימה הופכת למשימת חילוץ שצוות קאקאשי ביחד עם צ'יו (מכפר החול), וצוות גאי בתור גיבוי רודפים אחרי החוטפים.
3. חבר חדש לצוות 7, פרקים 33–34 (פרקים 282–284): נארוטו מחפש חבר נוסף לצוות ותוך כדי נפגש שנית עם חבריו הישנים שינו, קיבּ‏ה, הינאטה, צ'וג'י, אינו ושיקאמארו. לצוות קאקאשי נוספים באופן זמני ימאטו (שמחליף את ראש הצוות קאקאשי) וסאי (שמחליף את סאסקה) לקראת המשימה הבאה שלהם.
4. סאסקה וסאי, פרקים 35– (פרקים 285–310): בעקבות מידע מסאסורי לגבי פגישה עם מרגל מתוך תומכיו של אורוצ'ימארו, צוות קאקאשי החדש יוצא לפגישה עם המרגל שמסתבר שהוא קאבוטו אשר עדיין נאמן לאורוצ'ימארו, במהלך קרב שמתפתח בין נארוטו ואורוצ'ימארו, נארוטו נהפך לדמות חזקה של שועל בעל ארבע זנבות, במצבו זה הוא אינו שולט בעצמו ופוגע בסאקורה שמנסה לעזור לו. ימאטו מצליח לעצור את נארוטו וביחד עם סאקורה מחזירים אותו למצבו הרגיל. סאי בוגד בצוות במצוות אדונו דאנזו ועוזב ביחד עם אורוצ'ימארו וקאבוטו. צוות קאקאשי חודר למחבואו הסודי של אורוצ'ימארו במרדף אחר סאי. נארוטו וסאסקה נפגשים בפעם הראשונה אחרי שנתיים וחצי, מאז עריקתו של סאסקה מהכפר. אך מסתבר שהוא השתנה מאוד מאז.
5. הידאן וקאקוזו, (פרקים 311–342): לאחר שחזרו לכפר קאקאשי וימאטו מתחילים לאמן את נארוטו כדי שיוכל ליצור טכניקת נינג'ה חדשה בעזרת אלמנט (יסוד) הרוח שלו (או ליתר דיוק להשלים את פיתוח טכניקת הראסנגאן של ההוקאגה הרביעי). בינתיים ארגון אקטסוקי ממשיך בתוכניתו להשיג את השדים בעלי הזנב ומצליח לתפוס שניים נוספים מהם. שניים מחברי הארגון, הידאן וקאקוזו, מגיעים לארץ האש במטרה ללכוד את השד החתום בנארוטו (השועל בעל 9 הזנבות), טסונדה מגייסת 80 לוחמים כדי למצוא ולעצור אותם. במהלך הקרב אסומה סארוטובי (הסנסיי של צוות 10) נהרג על ידי הידאן. צוות 10 ביחד עם קאקאשי נשלחים כדי לעצור את השניים. צוות 7 (נארוטו, סאקורה וסאי) יוצא לעזרתם ונארוטו מציג את הטכניקה החדשה שפיתח, ראסנשוריקן.
6. נוכחי, (פרקים 343– ): סאסקה בוגד באורוצ'ימארו ותוקף אותו בעודו במיטת חוליו, במהלך הקרב ביניהם מנסה אורוצ'ימארו להשתלט על גופו של סאסקה אך נכשל. לאחר הקרב מגייס סאסקה צוות חדש בשם "צוות נחש" המורכב משלושה מנתיניו לשעבר של אורוצ'ימארו (ג'וגו, קארין וסויגטסו) כדי לנקום באחיו הבכור איטצ'י. בכפר העלה מגלים את דבר מותו של אורוצ'ימארו ותוכניתו של סאסקה. טסונדה שולחת צוות של שמונה (נארוטו, סאקורה, סאי, ימאטו, שינו, קיבה, הינאטה וקאקאשי) כדי לתפוס את איטצ'י בחיים. קאבוטו פוגש בצוות של נארוטו ומגלה להם שחלק מאורוצ'ימארו עדיין חי בתוכו. דיאדרה וטובי מארגון אקטסוקי מתעמתים עם סאסקה, בתום קרב אימתנים מפוצץ דיאדרה את עצמו בתור מוצא אחרון אך סאסקה מצליח להמלט בעור שיניו על ידי שימוש בנחש הענק מָ‏נדַ‏ה שמת כתוצאה מכך. טובי מתגלה כאיש שעומד מאחורי ארגון אקטסוקי. ג'יראייה מסתנן לכפר הגשם כדי לגלות פרטים נוספים על פיין, מנהיג ארגון אקאטסוקי, ובקרב בינהם נהרג ג'יראייה.