הלהקה החלה לפעול יחד וקראה לעצמה מוקי בליילוק, על שם שחקן ה-NBA. מאוחר יותר שינתה את שמה לפרל ג'אם, "ריבת פרל", על שם הריבה שהכינה סבתו של וודר, פרל, שעל-פי השמועות, היו לה סגולות ממסטלות. האלבום הראשון של פרל ג'אם, Ten, יצא בתחילת 91' , אך זכה להצלחה רק שנה לאחר מכן, אחרי שנירוונה הכשירו את הקרקע ואת הרדיו לסגנון הרוק האלטרנטיבי שצמח מסיאטל.
טן היה מלא בשירים אנרגטיים עם גיטרות כבדות, המנוני רוק, בלדות שעולות לשיאים רגשיים ובעיקר באדי וודר - כוכב רוק אמיתי. השירים באלבום רוכבים על הקול הגדול שלו ועל התפרצויות אנרגיה, שהוא לכאורה לא מצליח לרסן. גם אם לא תמיד ברור על מה הוא מדבר, הוא תמיד נתן תחושה שהוא מתכוון לזה. לנוער האמריקאי של תחילת שנות ה- 90 זה הספיק.
בתקופה שבה נירוונה התחילה להתפרסם וקורט קוביין התחיל לשנוא את הקהל, היה וודר האופציה ה"שפויה" של כוכב הרוק: מודע לעצמו ולסביבתו, אוהב בחזרה את המעריצים ונלחם למענם בממסד ובעסקני המוסיקה.
ב- 91' חברו אמנט, גוסארד ואדי וודר לכריס קורנל ולמאט קמרון מסאונדגארדן והקליטו לזכרו של אנדרו ווד את פרויקט המחווה טמפל אוף דה דוג, אחד מאלבומי המפתח של הגמוניית סיאטל. את שארית שנת 91' העבירו חברי הלהקה בסיבוב ההופעות של טן. ב- 92' התרחב בסיס המעריצים של הלהקה כבר מעבר לגבולות ארה"ב. להקות נוספות מסיאטל, ביניהן מדהאני, סאונדגארדן ואליס אין צ'יינז, הצטרפו לנירוונה ולפרל ג'אם ושיווקו את הצליל המלוכלך ואת המראה הפלאנלי והלא מגולח לעולם. אחרי עשור שהתאפיין ברוק מסורק, מסורס, לא כועס ולא אגרסיבי, הנוער חיפש מקור הזדהות שישיב לו את האמונה במוסיקה, במקום בתעשייה שסביבה.
 .Vs, או בתרגום חופשי - "נגד", יצא באביב 93' והחליף את נוורמיינד של נירוונה בראש מצעד מכירות האלבומים האמריקאי. העיתונות התנפלה על פרשיות הסמים של כוכב נירוונה, קורט קוביין, ופרל ג'אם נעשתה הלהקה הכי גדולה באמריקה.
בהפקה המשופרת של ברנדן או'בריאן נשארה הלהקה אותה להקה, אבל נשמעה יותר טוב. הבס של אמנט נשמע חד ומוצק יותר, הגיטרות של גוסארד הפכו לקיר רעש מתוזמן היטב, והתופים של דייב אברוצזי (שהחליף את המתופף הקודם) הפכו את הלהקה למפלצת רוק, למרות שהלקסיקון המוסיקלי שלה התרחב מעט וכלל מעתה גיטרה אקוסטית,דרבוקות ואורגן.
פרל ג'אם הצליחה להימנע גם ממלכודת ההתמסחרות, בכך שסירבה להוציא קליפים וסינגלים מתוך האלבום. סיבובי ההופעות התקצרו, ובמקום להופיע באיצטדיונים העדיפה הלהקה להופיע בקולג'ים ובאולמות רגילים. נתקבל הרושם שהלהקה, ובמיוחד וודר, שהתראיין כשמסיכה על פניו, לא מרגישים בנוח עם מעמדם החדש. הלהקה עשתה כותרות כשביטלה את סיבוב ההופעות של קיץ 94' בגלל עלויות הכרטיסים הגבוהות ואף תבעה את רשת משרדי הכרטיסים "טיקטמאסטר" בעוון מסחר בלתי הוגן.
על מנת לשמור על השפיות ואולי סתם בשביל הכיף, ניצלו חברי הלהקה את הפגרה מסיבובי ההופעות כדי לעבוד על פרויקטים צדדיים. גוסארד הקים עם חברים את להקת בראד, מקריידי הקים עם ליין סטיילי, סולן אליס אין צ'יינז, את ההרכב מד סיזן,  והלהקה כולה (בלי וודר) ניגנה כלהקת הליווי של ניל יאנג באלבומו מירור בול.
ההערצה שרחשה הלהקה ליאנג והעבודה איתו קירבה אותה לשורשי הרוק והפולק האמריקאיים. מתוך קרבה זו נוצר Vitalogy, אלבומם השלישי, ולדעת רבים, המקורי ביותר של פרל ג'אם. למרות שגם כאן מינוני האנרגיה גבוהים ברבים מהשירים, האלבום נוטה לכיוון עדין ואקוסטי יותר. הדגש על הצד הזה של פרל ג'אם הבליט את העומק והבגרות שצברו חבריה מאז הקמתה. האלבום לא הצליח כמו קודמיו, אך הבהיר שהלהקה היא להקה מקורית ורצינית, שתישאר בסביבה עוד כמה שנים טובות.        
בסוף 96', כשלוש שנים אחרי מותו של קורט קוביין וקצת לפני שהגראנג' מת באופן סופי, הוציאה הלהקה את No Code, אלבום שלא התיימר להחיות את הסגנון או אפילו לשחזר את ההצלחות הקודמות. למרות שהאלבום התקבל באהדה אצל המבקרים, המכירות לא הרקיעו שחקים. הסגנון המגוון של האלבום, ההשפעות האתניות והעובדה שהלהקה פשוט עשתה מה שמעניין אותה, לא עניינו את המעריצים, שציפו לאלבום רוק אגרסיבי. גם סיבוב ההופעות לקידום האלבום בוטל עקב סכסוך נוסף עם משרדי הכרטיסים. כך ירדה פרל ג'אם ממעמדה כלהקה הגדולה באמריקה.  
Yield, האלבום הבא של הלהקה, אמור היה להיות אלבום השיבה לרוק האגרסיבי. במקרה של יילד, המבקרים, המעריצים ואפילו הלהקה לא היו מרוצים. זו כנראה הסיבה לכך שדיסק ההופעה, Live On Two Legs,  יצא מייד אחר כך והזכיר למעריצים במי מדובר בעצם.
 המילניום החדש מצא את חברי פרל ג'אם עושים מה שהם עשו תמיד: מוציאים אלבום רוק טוב. אמנם הוא נמכר פחות ויש בו שירים בלתי אחידים ברמתם, אמנם הלהקה החליפה שוב מתופף (מאט קמרון מסאונדגארדן, שהחליף את ג'ק איירונז, שהחליף את דייב אברוצזי...), אבל פרל ג'אם היא עדיין אותה להקה שהכניסה כמה שירים לפנתיאון הקלאסיקה. ביולי 2000 חוותה הלהקה מכה קשה כאשר בעת הופעתה בפסטיבל רוסקילד נמחצו למוות 9 ממעריציה בדוחק הגדול.  הלהקה שקלה להתפרק בעקבות האסון, אך החליטה שאין בכך טעם.
בשנת 2000 הוציאה הלהקה את אלבום האולפן Binaural, ובנוסף הוציאה על גבי רשת האינטרנט מבחר של 25 אלבומים שהוקלטו במהלך סיבוב ההופעות האחרון שלהם.