יש הרבה סוגים שונים של נינג'ות בסדרה נארוטו, לכן זה רק הגיוני שיהיו גם דרגות כדי להבדיל בין המעמדות השונים. להלן דרגות הנינג'ה הקיימות בסדרה:

סטודנט באקדמיית הנינג'ות (Academy Student):
למידה באקדמיית הנינג'ות הוא השלב הראשון בשביל להפוך לנינג'ה רשמית. בדרך כלל, ילדים קטנים נרשמים לאקדמייה מגיל מסויים (בסביבות גיל 9) ונשארים שם עד גיל 12 בערך.  למרות זאת, יש הרבה יוצאים מן הכלל שבהם סטודנטים כשרוניים מאוד סיימו בהצלחה את האקדמיה בגיל מוקדם בהרבה. דוגמה לכך הוא האטקה קאקאשי (Hatake Kakashi) הידוע בזה שסיים את לימודיו באקדמייה לפני גיל 6!
סטודנט אקדמייה אינו מבצע משימות כלשהן אבל מתאמן ומציג את יכולות השליטה במתקפות ויכולות הנינג'ה הבסיסיות (שליטה בכלי נשק בסיסיים, חילוף - מתקפת הגנה בה אתה מחליף את גופך בחפץ מסויים, בונשין - כפיל, וכדומה).
המבחן האחרון והקובע הוא מבחני הסיום שבהם עליך להציג את היכולות שלך בשליטה באחד מהמתקפות שהוזכרו להלן. ביצוע מוצלח במבחן הסיום נותן לך את הזכות להתקדם מן האקדמייה לדרגה הבאה, ולהפוך לנינג'ה רשמית. למרות זאת צריך לזכור שגם אם ביצעת בהצלחה את המבחן, רק 9 סטודנטים מורשים לעבור את הבחינות, ולכן עליך לקוות שאכן נכנסת לרשימה זו. שאר הסטודנטים יחזרו לאקדמיה לעוד תקופת לימודים או יפרשו בכלל מניסיון להיות נינג'ה.

גאנין (Genin):
גאנין היא הדרגה הנמוכה ביותר מבין דרגות הנינג'ה. ברגע שסטודנט אקדמייה הופך לגאנין, הוא מודרך ע"י נינג'ה בדרגה גבוהה - ג'ונין, יחד עם עוד 2 גאנינים אחרים מהכתה שמוצוותים איתו לשלישיה. הקבוצה מודרכת ע"י הג'ונין ומבצעת משימות בסיסיות שממומנות ע"י הכפר. לרוב זה אומר שהם יצטרכו לבצע משימות עבודה וניקיון שלא מלהיבות במיוחד ומצריכות לחימה מינימלית, אם בכלל. משימות אלה מדורגות באות D - המשימות הכי פחות חשובות. דוגמאות למשימות אלו הן מציאת חיה אבודה וגינון גינת בית. חיי הגאנין מבוססים על משימות ואימונים אלה, כולם בשביל להכין את הגאנין לשלב הבא, מבחני הצ'ונין. מבחנים אלה מורכבים משלושה חלקים הדורשים מהגאנינים להראות ידע, כישרון השרדות ויכולת קרב. בשלב הסופי של המבחנים, המורכב מקרבות אחד על אחד, כל הגאנינים המשתתפים מוערכים ע"י הבוחנים. גאנינים המראים יכולות הדרושות לצורך הפיכה לצ'ונין יעלו בדרגתם לדרגת צ'ונין, אך יש להבהיר שבדר"כ מספר מצומצם מאוד של גאנינים מקודם בדרגה לצ'ונין בתקופת מבחנים אחת.

צ'ונין (Chuunin):
ברגע ההגעה לדרגה זו, יש לנינג'ה אשר קודמה אחריות גדולה. הצ'ונין כבר אינו נינג'ה מתחילה משנית, אלא מנהיג. הם יכולים לשלוט בקבוצת נינג'ות קטנה והם אקטיבים במשימות קרב שונות. בתור צ'ונין, יש לנינג'ה אחריות לא רק על חייו האישיים אלא גם על הנינג'ות שצוותו איתו. לרוב בתור צ'ונין אתה מקבל משימות הרבה יותר קשות ומורכבות מאשר קיבלת בתור גאנין. משימות אלה מדורגות באות C ובמקרים מסויימים גם באות B.
האחריות של הצ'ונין אינה מוצגת רק בקרבות אלא גם בחיי היום יום בכפר. בתור צ'ונין עליך גם להראות מחוייבות לכפר ולכן צ'ונינים רבים עובדים גם באקדמיית הנינג'ות בתור מורים, ובכך להשרות את הידע שלהם לדור הבא של הסטודנטים. בתור מורה עליהם לתת לסטודנטים את כל הידע והאימונים הפיזים הדרושים על מנת להפוך לנינג'ה רשמית. הפיכה לצ'ונין הוא סימן לעצמאות והוא לא משהו שצריך לזלזל בו מכיוון שזוהי משימה לא פשוטה בכלל.

ג'ונין (Jounin):
אפילו אם הפיכה לצ'ונין מציגה מיומנות וכישרון, השגת דרגת ג'ונין זהו סימן למומחיות ושליטה. ג'ונינים הם לוחמים יוצאים מן הכלל שפועלים ברמה שונה לחלוטין מחבריהם הנחותים מהם בדרגה. זאת הסיבה שנינג'ות אלה מקבלים את המשימות הקשות ביותר, משימות המדורגות באות A. כמו צ'ונינים, גם ג'ונינים לעיתים מתופקדים לא רק כלוחמים. יש נינג'ות בדרגת ג'ונין שתפקידם הוא להנהיג שלישיית גאנינים ולהדריכם במשימותיהם הראשונות בתור נינג'ות. ג'ונין מכין את קבוצת הגאנינים שלו במשימות פיזיות בדרכם למבחני הצ'ונין. רוב הג'ונינים משתפים את תלמידם רק בידע ועצות בשביל שיהפכו לנינג'ות טובות יותר, אך יש גם כאלה שלוקחים תלמידים כישרוניים באופן אישי ומשתפים אותם בטכניקות ומתקפות בהן הוא שולט. למרות הכל, אין הרבה ידע על איך בדיוק מגיעים לרמת ג'ונין, אך כאשר אתה מגיע לתפקיד זה, מופקדת עליך האחריות הגדולה ביותר.

ראש הכפר (Kage):
יש הרבה סטודנטים באקדמיה, יש הרבה נינג'ות בדרגת גאנין, צ'ונין וכן בדרגת ג'ונין, אבל יש רק ראש כפר אחד. ראש הכפר הוא הנינג'ה הכי חזקה, מיומנת ובעלת כוח בכל הכפר. למרות מה שחלק חושבים בגלל מראה, ראש הכפר נמצא בדרגת חוזק שקשה לתיאור. הוא מחזיק במספר גדול מאוד של מתקפות בעלות כוח עצום, חלקן אפילו שולטות בטבע עצמו. הפיכה לראש הכפר זהו התפקיד האולטימטיבי שניתן להגיע אליו מבחינת חוזק ויכולת. לכל כפר בעולם של נארוטו יש את ראש הכפר משלו, ולכל אחד יש שם שונה. הו-קאגה (כפר במדינת האש), קאזה-קאגה (כפר  במדינת הרוח), ראי-קאגה (כפר במדינת החשמל), מיזו-קאגה (כפר במדינת המים) וכך הלאה.

דרגות מיוחדות:

ג'ונין מיוחד (Special Jounins):
ג'ונין זה הוא ג'ונין המתמחה בתחום מסויים. מורינו איביקי (Morino Ibiki) למשל, הוא ראש אגף החקירה של כפר העלה, אך יחד עם זאת דרגתו היא של ג'ונין. מיטראשי אנקו (Mitarashi Anko) היא ג'ונין מיוחדת מהסיבה שיש לה קשר לכפר הצליל (Sound), כפר שכמעט ואין עליו מידע - דבר שיעזור לכפר העלה. צוות האנבו (ANBU Team), עליו יוסבר בהמשך, הוא גם כן סוג של ג'ונינים מיוחדים.

אנבו (ANBU): 
חלק ספציפי של נינג'ות המתוכננים כשומרי הראש של ההוקאגה. קבוצת לוחמים זו מבצעת רציחות מתוכננות, משימות ליווי וביום יום כשומרי ראש.

נינג'ה מפקירה (Missing-nins):
נינג'ות אשר עזבו את הכפר שלהם ובתגובה הכפר שלהם הכריז עליהם עונש מוות ע"י ציידי-הנינג'ות, עליהם יוסבר בהמשך. ציידים אלו ירדפו אחרי המטרה שלהם כל חייהם עד אשר מטרתם תמות או הם עצמם ימותו.
דוגמה לנינג'ה כזאת היא מומוצ'י זאבוזה (Momochi Zabuza), שהפקיר את כפר הערפל, בו נולד, וברח ממנו כדי להפוך לרוצח שכיר.

ציידי-נינג'ות (Hunter-nins):
נינג'ות אשר ציידות נינג'ות שהפקירו את הכפר שלהם על מנת לשמור על סודות הכפר, שיכולים להתגלות ע"י כפר יריב אחר. כאשר ציידים אלו מוצאים את המטרה שלהם והורגים אותה, הם מחסלים את הגופה כדי שנינג'ה אחרת לא ימצא אותה ויגנוב את סודותיה. ברוב המקרים, הציידים כורתים את ראש הגופה ולוקחים אותו איתם בשביל הוכחה לכפר שאכן הם חיסלו את מטרת הצייד. ציידי נינג'ות אלו, הן נינג'ות מיומנות מאוד באנטומיה של גוף האדם ויכולים לזהות כל חולשה בגוף. כך, בעזרת נשק קטן ולא מזיק כמו מחט, הם מסוגלים להרוג בן אדם ע"י פגיעה במקום רגיש, דבר שהופך אותם לקטלנים ביותר.

סאנין (Sannin):
זוהי לא בדיוק דרגה, אלא יותר תואר כבוד. לאחר הפיכת סארוטובי (ההוקאגה השלישי) להוקאגה, היה עליו לגדל חבורת נינג'ות שימשיכו את מסורת הכפר ויגנו עליו בעתיד. שלושת תלמידיו היו ג'יריה (Jiraiya - צד ימין בתמונה), אורוצ'ימארו (Orochimaru - באמצע התמונה) וטסונאדה (Tsunade - צד שמאל בתמונה). שלושתם גדלו תחת חסותו וגדלו להיות נינג'ות ברמה שקשה לתיאור. עכשיו, בזמן של נארוטו, שלושתם כבר הגיעו לגיל 50+ ויש לכל אחד מהם תואר של "נינג'ה אגדית" - סאנין. כוחם שווה לכוח של הוקאגה, כאשר חלק מהם באמת הפכו להיות קאגה של כפרים:

ספויילרים לאנשים שלא הגיעו לפחות לפרק 95 -

לאחר מוות ההוקאגה השלישי, הוגשה הצעה לג'יריה להפוך להוקאגה החדש של הכפר. הוא דחה את ההצעה בסיבה שחיי הוקאגה אינם מתאימים לו. לכן ההצעה הוגשה לסאנין אחרת, טסונאדה, שבסופו של דבר לקחה את התפקיד והפכה להוקאגה החמישי של קונואה (כפר העלה). אורוצ'ימארו, שלא קיבל בעבר את תואר ההוקאגה כאשר תפקיד זה ניתן לבסוף להוקאגה הרביעי (ששמו אינו ידוע עדיין בסדרה), עזב את קונואה והקים לעצמו כפר משלו - כפר הצליל (Sound), כפר בו הוא הקאגה השליט.
לסיכום, דרגה זו אינה ניתנת להגעה לכל נינג'ה שרוצה בכך, זהו כמו תואר אצולה לשלושת הנינג'ות החזקות ביותר בעולם.