בספר החמישי משרד הקסמים מנהל קמפיין השמצות נגד הארי ודמבלדור, על מנת לערער את האמינות של טענותיהם הנוגעות לשובו של וולדמורט. בספר זה מוצגת דמות חדשה כאשר שר הקסמים קורנליוס פאדג' ממנה את מזכירתו דולורס אמברידג' לתפקיד המורה להתגוננות מפני כוחות האופל, על מנת שהיא תרגל אחרי המתרחש בהוגוורטס. אמברידג' מסרבת ללמד קסמי הגנה יעילים כיוון שמשרד הקסמים חושש שדמבלדור זומם להקים צבא ולבצע הפיכה.

כתוצאה ממדיניותה של אמברידג' התנהגותו של הארי הופכת לכעוסה ולא יציבה, ולפרקים נוצר ריחוק מסוים בינו לבין רון והרמיוני. רולינג אמרה כי הארי "נאלץ" לעבור את כל הלחץ הזה על מנת להראות את פגיעותו הרגשית ואת האנושיות שלו, בניגוד לאויבו המר וולדמורט.הארי והרמיוני מקימים אגודת תלמידים סודית בשם צבא דמבלדור, על מנת ללמד התגוננות מפני כוחות האופל לכל מי שמעוניין. אולם, תוכניתם נחשפת כאשר אחת מחברות הקבוצה מסגירה אותם לאמברידג', כך שדמבלדור נאלץ לקחת על עצמו את האשמה ולהימלט מהוגוורטס כדי להציל את הארי. הארי סופג מהלומה רגשית נוספת כאשר סנדקו סיריוס נהרג במהלך דו-קרב עם אוכלת המוות בלטריקס לסטריינג' במחלקת המסתורין, אך הוא מצליח לסכל את תוכניתו של וולדמורט לגנוב נבואה חשובה ומצליח להוכיח לכל עולם הקוסמים שוולדמורט אכן חזר. אחד מקווי העלילה המשניים של הספר הוא מערכת היחסים בין הארי לצ'ו צ'אנג, שמסתיימת לאחר שחברתה של צ'ו מסגירה את צבא דמבלדור.

בספר השישי הארי מתמודד עם תהפוכות רגשיות המבוססות לדברי רולינג על קשייה וקשיי אחותה בגיל ההתבגרות^. רולינג אמרה על חייו האישיים של הארי כי בעקבות ההרפתקאות שהוא עובר יש לו פחות נסיון בתחום הרומנטי בהשוואה לנערים אחרים בגילו^. חוסר הנסיון הזה הוא (לדברי רולינג) הסיבה לכשלון מערכת היחסים עם צ'ו צ'אנג בספר הקודם. הארי מתאהב בג'יני ויזלי, ואחת הנקודות החשובות בפרק האחרון היא כאשר הוא מחליט לסיים את מערכת היחסים ביניהם על מנת להגן עליה מפני וולדמורט.

דמות חדשה מצטרפת כאשר סוורוס סנייפ עובר ללמד את התגוננות מפני כוחות האופל, ומוחלף על ידי הוראס סלהגורן שלימד בעבר שיקויים. הארי מפגין הצטיינות מפתיעה במקצוע, בזכות ספר ישן שהיה שייך לתלמיד מוכשר הידוע בכינוי "הנסיך חצוי-הדם". בספר יש הערות ותיקונים רבים, וכן כשפים מתקדמים; פעמים רבות לאורך הספר טוענת הרמיוני כי מה שהארי עושה הוא רמאות.

קו עלילה מרכזי בספר זה הוא התנהגותו החשודה של דראקו מאלפוי, יריבו של הארי. וולדמורט פקד על מאלפוי המבוהל לנסות להרוג את דמבלדור. במהלך דו-קרב בחדר שירותים הארי משתמש בכישוף סקטומסמפרה שהומצא על ידי סנייפ, וגורם למאלפוי פצעים כמעט קטלניים. הארי מבועת ממה שעשה וכמעט חש חמלה כלפי מאלפוי לאחר שגילה כי הוא אולץ על ידי וולדמורט לאפשר את כניסתם של אוכלי המוות באיום שאם לא יעשה זאת הוריו יירצחו.

בספר השביעי הארי עוזב את הוגוורטס ביחד עם רון והרמיוני, על מנת להשלים את המשימה שדמבלדור הטיל עליו: לחפש ולהשמיד את ההורקראקסים הנותרים של וולדמורט, ואז למצוא את וולדמורט עצמו ולהרוג אותו. השלושה מוצאים את עצמם מתמודדים עם מדינת המשטרה הטוטליטרית שוולדמורט הצליח להקים לאחר רצח שר הקסמים.

לאורך הספר מתוארת ההתמודדות של הארי וחבריו עם בידודם מעולם הקוסמים, דבר שגורם למתחים רבים. באחד מרגעי השיא בעלילה פורצת מריבה קשה בין הארי לרון, שגורמת לאחרון לנטוש את המאהל שלהם. הוא נאלץ גם להתמודד עם חשיפת עברו של מורהו הנערץ אלבוס דמבלדור ועל קיומם של אוצרות המוות המסוכנים, שגורמים לו להסחה ממילוי בקשתו האחרונה של דמבלדור.

כאשר וולדמורט רוצח את סנייפ בחלק האחרון של הספר, הארי מגלה כי סנייפ איננו הרוצח הבוגדני שרצח את דמבלדור, כי אם אנטי גיבור טראגי שהיה נאמן לדמבלדור כל השנים. בפרק 33 הארי מגלה באמצעות זיכרונותיו של סנייפ כי הוא אהב את לילי אוואנס, אמו של הארי, וכי מערכת היחסים ביניהם הסתיימה על רקע קשריו עם אוכלי מוות לעתיד ואמונותיו בנוגע לטוהר הדם. לאחר שוולדמורט רצח את הוריו של הארי נדר סנייפ להגן על בנה היחיד, למרות שנאתו לג'יימס. מתברר גם כי סנייפ לא רצח את דמבלדור אלא מילא את בקשתו. דמבלדור גסס מקללה המתפשטת באיטיות, ורצה להגן על ההסוואה של סנייפ כמרגל בקרב אוכלי המוות ולחסוך מדראקו מאלפוי את הצורך להשלים את פקודתו של וולדמורט להורגו.

וולדמורט גונב מקברו של דמבלדור את שרביט הבכור על מנת להביס את הארי, ופעמיים מטיל עליו את הקללה ההורגת אבדה קדברה. הנסיון הראשון גורם להארי להתעלף ולהיכנס למצב של לימבו. בפרק הלפני אחרון רוחו של דמבלדור מספרת להארי בין השאר כי הוא הפך להורקראקס בלתי מכוון כשהיה תינוק, אך כעת הקללה של וולדמורט השמידה את רסיס הנשמה בגופו של הארי ויש להשמיד רק את הנחשית נגיני שהיא ההורקראקס האחרון. בשיאו של הספר וולדמורט מטיל על הארי את הקללה ההורגת בפעם השנייה, אך נכשל בכך ומת בעצמו כיוון ששרביט הבכור שייך להארי. הארי הופך לבעלים הראוי של אוצרות המוות, אך מחליט לשמור רק על גלימת ההיעלמות שלו כיוון שהייתה שייכת לאביו.

לפי רולינג הארי הפך להילאי לאחר תבוסתו של וולדמורט, והצטרף בגיל 17 למחלקת ההילאים כאשר ב-2007 התמנה לראש המחלקה. רולינג אמרה כי יריבו דראקו מאלפוי "התגבר" על השנאה כלפיו לאחר שהארי הציל את חייו שלוש פעמים במהלך הספר השביעי, אם כי אין סימנים שהם הפכו לחברים.

בחמשת הסרטים שהקרנתם החלה בין 2001 ל-2007 גולם הארי פוטר על ידי השחקן האנגלי דניאל רדקליף, המיועד להופיע גם בשלושת הסרטים האחרונים. דיוויד היימן, אחד ממפיקי הסרטים, ביקש מרדקליף בשנת 2000 להיבחן לתפקיד הארי פוטר, בזמן שנכח במחזה בלונדון בשם "Stones in His Pockets"‏.

בראיון שהעניק ל-MTV בשנת 2007 הצהיר רדקליף כי עבורו הארי פוטר הוא דמות קלאסית של מתבגר: "זה מה שהסרטים עבורי: איבוד התמימות, הפיכה מילד צעיר המתפלא למראה העולם הסובב אותו, לאדם שהוא יותר למוד קרבות".הוא אמר גם כי החלקים החשובים עבורו בנפשו של הארי הם אשמת הניצולים שלו ביחס להוריו המתים ובדידותו המתמשכת. כיוון שכך הוא קיבל ייעוץ על מנת לסייע לו להתמודד עם התפקיד.

רדקליף סיפר כי השאלה שהופנתה אליו הכי הרבה פעמים היתה כיצד הארי פוטר השפיע על חייו, ותגובתו הרגילה היא "בסדר", וכי הוא מחשיב לכבוד גדול את זה שהוא מגלם את דמותו של הארי פוטר.

הסרט הראשון החל בסצנה שבה רואים את הארי התינוק מונח על מפתן ביתה של משפחת דרסלי על ידי אלבוס דמבלדור. לצורך צילומי הסצנה הזו השתמשו המפיקים בשלישיית תינוקות ממשפחה בשם סונדרס, על מנת לא להעמיס במידה מוגזמת על תינוק אחד. לא ידוע מה היו השמות הפרטיים של מי מהשלישייה, ובכתוביות שבסוף הסרט הראשון הם קיבלו קרדיט כ-Saunders triplets (שלישיית סונדרס).