הרמיוני מופיעה לראשונה כאשר היא פוגשת את הארי ורון על רכבת האקספרס להוגוורטס. היא מתוארת כבעלת קול מנדנד, שיער חום מתולתל, שיניים קדמיות בולטות, וכמישהי שמרגיזה את מי שמקשיב לה עם המידע הרב שברשותה. הארי ורון מתייחסים אליה כשחצנית בחלק הראשון של הספר, בעיקר לאחר שהיא מותחת ביקורת על אופן הטלת הלחשים של רון. במחצית הראשונה של הספר אין כמעט קשר בינה לבין התלמידים האחרים, והדבר מגיע לשיאו כאשר רון אומר עליה מאחורי גבה שאין לה חברים. בעקבות כך היא מתחבאת באחד מחדרי השירותים של טירת הוגוורטס, ונתקלת שם בטרול שהוכנס לטירה. היא ניצלת על ידי הארי ורון, ולאחר מכן השלושה הופכים לחברים.רולינג סיפרה באתר שלה כי התנגדה לבקשתו של העורך להוציא מהספר את סצנת הטרול. לדבריה "הרמיוני כל כך מעצבנת בחלק הראשון של אבן החכמים שהרגשתי כי דרוש משהו (במלוא מובן המילה) ענק על מנת לחבר בינה לבין הארי ורון".לאחר שהשלימו ביניהם הם נמצאים כמעט תמיד ביחד, והיא מרבה לסייע להם בשיעורי הבית ובמטלות השונות. כאשר השלושה מחליטים לרדוף אחרי קוויריניוס קווירל (כפי שהתברר מאוחר יותר) על מנת למנוע ממנו להשיג את אבן החכמים, מפגינה הרמיוני את יכולת החשיבה הלוגית שלה בכך שהיא מתגברת על המכשול של המורה סוורוס סנייפ שהיה חידה שלא ניתן לפותרה באמצעות קסמים. בשלב האחרון לפני שהארי מגיע אל המקום שבו נמצא קווירל היא אומרת לו "ספרים! והתחכמות! יש דברים חשובים יותר - ידידות, ואומץ ו - אוי הארי, תיזהר!" ובכך מוכיחה בפעם הראשונה שהיא אינה מאמינה אך ורק בלימוד שיטתי מספרים.בשנתה השנייה בהוגוורטס היא מתאהבת בגילדרוי לוקהרט, המורה החדש להתגוננות מפני כוחות האופל, עד שלבסוף נחשף כי הוא מתחזה. במהלך מריבה בין שחקני הקווידיץ' של גריפינדור וסלית'רין מטיח בה דראקו מאלפוי את הכינוי "בוצדמית", אך היא לא ידעה מה משמעות הביטוי עד שרון ויזלי הסביר לה זאת בביקתתו של רובאוס האגריד.בהמשך שנת הלימודים היא מצליחה לרקוח את שיקוי הפולימיצי המורכב, המאפשר לה, להארי ולרון לשנות את המראה שלהם לזה של חבריו של מאלפוי, על מנת שיוכלו לחקור אותו האם הוא אחראי לפתיחת חדר הסודות ולשחרור המפלצת האגדית של סלזאר סלית'רין. אולם, בשוגג היא מכניסה לשיקוי שלה שיער של חתול למרות שהדבר אסור לפי הנאמר בספר, ובשל כך הופכת לחתול-למחצה ומאושפזת לשבועות אחדים במרפאה של הוגוורטס.בזמן שהיא מחפשת מידע על המפלצת של סלית'רין שלפי האגדה המתוארת בספר נמצאת בחדר הסודות, היא מותקפת על ידי נחש הבסיסליק זמן קצר לאחר שניחשה נכונה כי הוא המפלצת, והשתמשה במראה על מנת לבדוק היכן הוא. למרות שהיא מאושפזת במרפאה בתרדמת מתברר שלמידע שהספיקה לגלות יש חשיבות מכרעת להצלחת נסיונם של הארי ורון לפתור את המסתורין סביב חדר הסודות ולהציל את ג'יני וויזלי, אחותו של רון. הרמיוני מתעוררת מהתרדמת זמן קצר לאחר שהארי הרג את הבסיליסק, ומאוכזבת לגלות שכל מבחני סוף השנה בוטלו בהוראתו של המנהל אלבוס דמבלדור כמתנה מטעם הנהלת הוגוורטס.בתחילת הספר השלישי רוכשת הרמיוני חתול מחמד בשם קרוקשנקס, הנוהג לרדוף אחרי סקאברס, עכברוש המחמד של רון. לפני תחילת שנת הלימודים מקבלת הרמיוני מחולל זמן סודי ממינרווה מקגונגל, המאפשר לה לבצע מסע בזמן ובכך לחזור על שיעורים כדי להתמודד עם מערכת השעות העמוסה שלה.הרמיוני חוששת לשלומו של הארי פוטר לאור בריחתו מאזקבאן של סיריוס בלק, וכאשר הוא מקבל באופן לא ברור מטאטא מירוץ יקר ערך מסוג "אש המחץ" היא פונה לפרופסור מקגונגל ומספרת לה על כך. בעקבות זאת המטאטא מוחרם לבדיקות, והארי ורון מסרבים לדבר עמה במשך שמן מה. כמו כן, לאורך השנה נוצר מתח בין הרמיוני לבין רון בגלל המריבות התכופות בין קרוקשנקס לסקאברס, והם מפסיקים לדבר זה עם זה לאחר שנראה כי סקאברס נטרף.הרמיוני היא היחידה שמצליחה לנחש נכונה כי פרופסור רמוס לופין, המורה להתגוננות מפני כוחות האופל, הוא אדם זאב. היא עושה זאת לאחר שיעור שבו הוחלף לופין על ידי סוורוס סנייפ, שהטיח בה עלבונות לאחר שדיברה בלא רשות לאחר שאף תלמיד לא הצליח לתאר נכונה את ההבדלים בין אדם זאב לבין אנימאגוס.היא מסייעת לרובאוס האגריד להכין את כתב ההגנה על מנת להציל את ההיפוגריף בקביק, המועמד להוצאה להורג כיוון שתקף בתחילת השנה את דראקו מאלפוי. לקראת סוף הספר מתברר כי במהלך עבודתה עם האגריד היא חשפה בפניו את חששותיה לגבי הארי ורון, וכן את חששה מכך שככל הנראה הם מעריכים אותה פחות בהשוואה לסקאברס העכברוש. כאשר ערעורו הסופי של האגריד נדחה היא מבשרת להארי ולרון על כך, וכשהאחרון מבטיח לסייע לה היא פורצת בבכי ופורקת את העומס הרגשי שבו הייתה נתונה לאורך כל השנה. לאחר מכן משתקמת מערכת היחסים בינה לבין הארי ורון.מחולל הזמן שקיבלה מפרופסור מקגונגל בתחילת השנה הופך לשימושי כאשר היא והארי משתמשים בו על מנת לחזור בזמן ולהציל את סיריוס בלק (שהתברר כי הופלל על ידי אוכל המוות פיטר פטיגרו) ואת בקביק ממוות.כבר בתחילת הספר הרביעי הרמיוני מביעה מחאה על תנאי התעסוקה של גמדוני הבית, ומקימה אגודה לשיפור מצבם. היא עוסקת בנושא הזה בהתלהבות לאורך כל השנה, אך לא זוכה לשיתוף פעולה מצד חבריה ללימודים שמסרבים להצטרף לאלרג"ה (ארגון לרווחת גמדוני הבית) שהוקם על ידה.הרמיוני היא בת זוגו של שחקן הקווידיץ' הבולגרי וויקטור קרום לנשף חג המולד של טורניר הקוסמים המשולש, ואף מתואר כיצד הארי לא מצליח לזהות אותה וחושב אותה לנערה יפה מאוד שהגיעה מחוץ לבית הספר. ההגייה הנכונה של השם שלה (הֶ‏ר-מַ‏-יוֹ‏-ניִ) משולבת בעלילה כאשר היא מלמדת זאת את קרום. לקראת סוף הנשף היא נקלעת לוויכוח עז עם רון, המאשים אותה ב"התרועעות עם האויב". המתיחות בין הרמיוני לרון סביב הנושא של קרום נמשכת לאחר שהוא מגלה כי הרמיוני ממשיכה לשמור על קשר עם קרום. היא הייתה גם "בת הערובה" שקרום היה צריך להציל מהאגם של הוגוורטס במהלך המשימה השנייה של הטורניר.היא מעניקה תמיכה רבה להארי לאורך טורניר הקוסמים המשולש, ומסייעת לו להתכונן לכל משימה. כמו כן, היא עסוקה בנסיונות לנקום בכתבת "הנביא היומי" ריטה סקיטר, שפירסמה עליה, על הארי ועל האגריד כתבות משמיצות לאורך כל השנה. בלילה שבו וולדמורט שב לגופו הגשמי היא חושפת שסקיטר היא אנימאגוס לא חוקי, ומצליחה ללכוד אותה באמצעי קסם בתוך צנצנת זכוכית תוך הבטחה שהיא תשחרר אותה אם סקיטר תפסיק להשמיץ בכתבותיה.